臭氧（O3）的消毒原理是：臭氧在常溫、常壓下分子結構不穩定，很快自行分解成氧氣（O2）和單個氧原子（O）；后者具有很強的活性，對細菌有極強的氧化作用，將其殺死，多余的氧原子則會自行重新結合成為普通氧原子（O2），不存在任何有毒殘留物，故稱無污染消毒劑，它不但對各種細菌（包括肝炎病毒，大腸桿菌，綠濃桿菌及雜菌等）有極強的殺滅能力，而且對殺死霉素也很有效。 

1、臭氧的滅菌機制及過程類屬于生物化學過程，氧化分解了細菌內部氧化葡萄糖所必須的葡萄糖氧化酶。 

2、直接與細菌、病毒發生作用，破壞其細胞器和核糖核酸，分解DNA、RNA，蛋白質、脂質類和多糖等大分子聚合物，使細菌的物質代謝生產和繁殖過程到破壞。 

3、滲透胞膜組織，侵入細胞膜內作用于外膜脂蛋白和內部的脂多糖，使細胞發生通透畸變，導致細胞溶解死亡。并且將死亡菌體內遺傳基因、寄生菌種、寄生病毒粒子、噬菌體、枝原體及熱原（細菌病毒代謝產物、內毒素）等溶解變性滅亡。