藥劑污染是膜系統中經常出現而又較難發現的一類影響膜系統正常運行的污染問題。
1、混凝劑污染膜系統常用的混凝劑主要有聚合氯化鋁(PAC)和聚合硫酸鐵（PFS），混凝劑污染一般都是由于此類混凝劑投加過量引起。2、助凝劑污染高分子助凝劑可以加快絮凝體的沉降速度，但也使絮凝體的黏結力增強，使其更容易在膜表面沉積。3、阻垢劑污染市售阻垢劑多數為有機合成聚合物，當投加過量或投加的阻垢劑與絮凝劑不兼容時，會在膜表面形成一種粘稠的污染物，造成膜系統運行壓力增加，此類污染物清洗非常困難。4、還原劑污染還原劑亞硫酸氫鈉持續用量過大時，會加速特定菌類的繁殖，間接造成膜系統的污染。藥劑的種類及使用量對膜系統的正常運行至關重要，膜系統藥劑的選擇與投加應當根據藥劑公司的經驗和有效的實驗數據為指導，才能使其更好的為膜系統服務。
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